Abans de fer-se jesuïta i esdevenir deixeble de sant Ignasi de Loiola, la vida de Francesc de Borja havia mirat més cap als problemes terrenals que no pas cap al cel. Entre les seves diverses facetes, destaca la de virrei de Catalunya (1539-1543), càrrec amb el qual va mostrar la cara més fosca de l’home que, amb el temps, arribaria a ser sant.

Les instruccions que l’emperador Carles va lliurar a Francesc de Borja en el moment de nomenar-lo virrei de Catalunya, el 19 de juny de 1539, descrivien un país plagat de bandolers, amb fortes tensions socials, com havia demostrat la revolta del 7 de juny a Perpinyà, i unes institucions massa toves, quan no considerades responsables de la situació.

D’acord amb aquelles instruccions, Francesc de Borja va actuar amb una duresa mai vista fins aleshores. En el cas de la revolta perpinyanesa proposava la repressió més dura com a única alternativa, “porque si no se puede usar de rigor y brevedad de justicia con gente tan cruda y tan carniçera, no se ha de esperar sino mil males de este mal”.

Un capítol a part mereix la repressió duta a terme per Francesc de Borja contra el bandolerisme. Recordem que en aquella època els bandolers representaven una de les principals amenaces contra les quals lluitava la monarquia hispànica a Catalunya. I val a dir que Francesc de Borja va ser inflexible. La documentació ho mostra clarament. Per exemple, quan va aconseguir una treva entre dues faccions enfrontades, va reflexionar sobre la seva gestió: “Parésceme a mi que muchas vezes se remedian mejor algunas cosas desta manera que ahorcando hombres, porque si este fuesse el verdadero remedio, ya no se harían males en Cataluña según los que se han ahorcado”.

El futur sant també va demostrar un pragmatisme ben poc pietós en el càstig que s’havia d’aplicar als lladres: “Lo que parecía que cumplía para el bien de esta tierra, cortar los pies a muchos que lo merecen por justicia antes que cortalles las manos, porque las manos hay remedio para no dexar de hazer mal con ellas y no le hay para que puedan trabajar con ellas, y en cortalles los pies quedan para poder usar sus officios y sin poder hacer bellaquerías”

Mentre va ocupar el càrrec de virrei, les relacions de Francesc de Borja amb la Generalitat i el Consell de Cent van ser molt dolentes. Sense anar gaire lluny, el gener de 1541 va voler empresonar els diputats de la Generalitat per un conflicte de competències. Més endavant, el maig de 1543, va tenir una forta baralla amb els consellers de Barcelona, “de manera que nunca consellers de Barcelona tal oyeron”, segons ell mateix, que els va dir entre d’altres coses “desamorados y malos servidores”, a més de considerar que “su interés es preiudicar en quanto pueden las preheminencias reales”.

Francesc de Borja es va mantenir quatre anys en el càrrec, fins al 18 de juny de 1543, i va ser substituït pel marquès d’Aguilar.