L’alçament militar contra la República a Catalunya va produir-se un dia més tard que a la major part de l’Estat, el 19 de juliol del 1936. La Generalitat, assabentada de la conspiració, va organitzar un pla per barrar el pas a Barcelona a les tropes que, tot venint des de les casernes dels afores, havien de subjugar-la. En encarnar la legitimitat republicana, Companys va voler aturar els insurgents només amb les forces d’ordre públic i va negar-se a distribuir armes als militants anarcosindicalistes de la CNT-FAI, mesura que va haver de rectifcar davant la imminència de la rebel·lió, tot i que en va limitar el nombre per impedir que s'escapessin del control de les autoritats.

La rendició de Goded

Mercès a la Guàrdia d’Assalt, la Guàrdia Civil i els efectius populars, que van assaltar i saquejar el parc d’artilleria de Sant Andreu, que contenia 30.000 fusells, la sedició va ser anorreada. El general Manuel Goded, que havia arribat des de Mallorca per liderar la revolta, va rendir-se i a petició de Companys va radiar un missatge per instar els seus soldats a deixar la lluita. El 20 de juliol els facciosos havien estat vençuts a tot Catalunya, però l’escenari polític i legal quedava alterat. Companys va resumir la situació amb poques paraules: “La xusma armada i incontrolada envaeix els carrers i es lliura a tota mena d’excessos. I la CNT, potentment armada, és mestressa de la ciutat i deté el poder”. 

Conscient del clima revolucionari imperant i que les forces d’ordre públic no s’enfrontarien amb qui les havia ajudat a esclafar un enemic comú, Companys va proposar als dirigents anarcosindicalistes formar un organisme, el Comitè Central de Milícies Antifeixistes, formalment dependent de la Generalitat i que a la pràctica va exercir el poder real. “Heu vençut i tot està en poder vostre; si no em necessiteu o no em voleu com a president de Catalunya, digueu-m’ho ara, que passaré a ser un soldat més en la lluita contra el feixisme”, va dir en aquella ocasió. D’aquesta manera, amb l’esperança que el marc democràtic s’anés redreçant, unia a la seva condició de representant d’un estat afeblit de sobte per les circumstàncies de la guerra una legitimitat d’índole revolucionària, beneïda per les organitzacions obreres. 

La Genralitat intenta salvar els amenaçats pels revolucionaris
La Generalitat, subordinada a legalitzar els canvis que impulsava el Comitè, mirava de salvar el patrimoni artístic i les vides d’eclesiàstics i d’aquells considerats afins a la dreta o còmplices dels facciosos, amenaçats pels revolucionaris.

Alhora, amb cura, Companys buscava recuperar la iniciativa. D’una banda, avalava una expedició a Mallorca, presa pels militars rebels, que fracassarà per la intervenció de l’aviació italiana a favor dels revoltats i la manca de suport de la Marina republicana. D’una altra, designava el president del Parlament, Joan Casanovas, com a conseller primer, en el qual va delegar-li les funcions executives. Convertir en cap del Govern el president d’una institució que estava tancada i amb algun dels partits que l’integraven suprimit, palesava el desig de restablir el sistema parlamentari quan fos possible. 

Companys es reservava un paper moderador temporal, per damunt de sigles i com a àrbitre en la pugna per l’hegemonia. Per fi, es va fer obvi que la dualitat de poders neutralitzava igual Generalitat i Comitè, i amb l’entrada al Govern de la CNT i dels comunistes, que s’havien aplegat en una formació de creació recent, el Partit Socialista Unificat de Catalunya (PSUC), el Comitè Central de Milícies Antifeixistes es va dissoldre el 26 de setembre del 1936.