L'autèntic misteri de l'eusquera no és tant el seu origen ignot, sinó com aquesta llengua va aconseguir sobreviure a una romanització que sí que va esborrar del mapa les altres llengües de l'antiga Hispània. 

Avui les troballes arqueològiques i les fonts clàssiques desmunten la tesi que els bascos van viure al marge de la romanització per ser una terra amb una orografia molt abrupta i amb un baix interès econòmic. Amb tot, la presència romana va ser més notable a les zones costaneres, al sud d'Euskadi i a Aquitània. El nivell de la romanització, per tant, depengué de la zona. En aquest sentit, els historiadors clàssics ja distingien clarament entre 'saltus vasconum' (la zona muntanyosa), més inaccessible, i l''ager vasconum' (la zona de pla), més permeable a la aculturalització.

Una llengua aïllada
L'eusquera és una de les llengües més antigues del continent europeu. A més, juntament amb el finès i l'hongarès, és considerada una llengua aïllada, és a dir, no guarda cap relació amb l'indoeuropeu, la llengua mare de les llengües d'Europa. La hipòtesi més coneguda sobre el seu origen és la basquiberista, segons la qual el basc és la resta viva de l'ibèric, una llengua parlada antigament a la costa mediterrània de la península Ibèrica i al sud de França. Aquesta hipòtesi sorgí a partir d'una afirmació de l'historiador jueu romanitzat Flavi Josep en el seu llibre 'Antiguitats judaiques' (segle I dC): "Tubal (nét de Noè) fundà els thobels, que ara s'anomenen ibers". D'acord amb aquest mite, els fills de Tubal es dirigiren a Occident i arribaren a la península Ibèrica. 

Del Caucas a Mali
Una altra hipòtesi sobre l'origen del basc relaciona aquest idioma amb les llengües de la família caucàsica parlades als dos costats del Caucas, entre el mar Caspi i el mar Negre. Així, el poble basc tindria el seu origen en una migració que va partir d'aquesta zona. Tampoc no falten teories que vinculen l'eusquera amb el berber o amb el dogon, una altra llengua afroasiàtica parlada a Mali, a l'Àfrica occidental.