El 5 d'octubre de 1543, a les 17 h, 23 galeres turques desembarcaven a Cadaqués, saquejant totes les cases i enderrocant l’església. Els veïns, que no disposaven de defenses, havien fugit en veure que s’acostaven les veles.

La milícies s'organitzen per defensar les viles
La matinada del dia següent, 6 d’octubre, un miler de milicians de Girona, Palafrugell, Siurana, Verges i Rocabertí emprenien camí cap a Castelló d’Empúries amb la missió de defensar la vila de Roses d’un possible atac dels corsaris otomans. Complien les ordres enviades des de Girona, que havia posat en marxa el seu sistema de defensa en saber l'asalt del dia anterior. Però l’atac a Cadaqués era només la primera parada del full de ruta otomà al litoral empordanès. Els atacs més cruels encara havien d’arribar.

L'assalt a Roses
La matinada del dia 7 d’octubre els otomans van atacar Roses. Els corsaris van cometre actes de pillatge a tota la vila, però van durar poc perquè es van veure obligats a embarcar-se ràpidament cap a les illes Medes davant la resistència de milicians locals i de les tropes reials. En conèixer-se la notícia, reforços comandats des de Girona van ser enviats a Sant Feliu de Guíxols, on pensaven que es produiria l’atac següent. 

Però havien tornat a errar els càlculs, i hores després, Palamós era destruïda. Abatent primer que res la vila a canonades des de les galeres, els corsaris van entrar amb violència extrema a saquejar tot allò que van trobar al seu pas.

El primer objectiu va ser cremar l’església i destruir la iconografia cristiana. Entre el botí també hi havia les campanes de l’església, que fondrien per aprofitar-ne el metall, el vaixell del mossèn de Calella de Palafrugell i una galera de l’emperador. Pel que fa a les cases i altres edificis, tots van ser cremats o destruïts. Dos dies després del saqueig, els milicians van tornar a Palamós, en saber que la nit anterior els corsaris otomans l’havien abandonat en direcció a les Illes, probablement rumb a Eivissa.

El testimoni esfereïdor del notari de la vila: "l’obriren per lo ventre y li tragueren lo cor"
El notari de Palafrugell, Antic Brugarol Codina, era un dels milicians mobilitzats per a la defensa de Palamós, i fou testimoni dels horrors dels atacs corsaris. En un escrit posterior al saqueig, el notari narrava els fets: “Fou-nos forçat desemparar dita vila, y així exírem d’ella molt desmandats. Y de nosaltres restaren en dita vila hòmens que moriren, y molt cruelment los trovàren lo dimars aprés morts: mossèn Joan Andreu, prebere, sagristà de Palafrugell, al qual levaren lo cap de les spatles y l’obriren per lo ventre y li tragueren lo cor y tallaren los botons y moltes fletxes tenie. Pere Roig, cremat. Joan Serra, ferrer, cremat, ab una canya tenia en lo ces. Y tals coses feren en aqueixos lochs que ab letres nos pot scriure”.

Una recuperació que va trigar dècades
Palamós trigaria dècades a recuperar la vitalitat perduda. Les dificultats per reconstruir edificis i cases, i fins i tot per garantir la supervivència dels seus habitants, es convertiren en un repte titànic. La vila va haver de signar un conveni amb els seus creditors segons el qual renunciaven a cobrar rendes durant una dècada.

Les viles costaneres dissenyaren i desenvoluparen una xarxa defensiva potent, basada en l’emmurallament de les ciutats, la construcció de torres de guaita en els punts estratègics i l’edificació de les torres de moros en gairebé totes les masies pròximes a les zones de més perill, a títol privat. 

La tasca de construcció pública d’aquestes edificacions va exigir uns esforços fiscals enormes, i va comportar l’endeutament crònic de la majoria d’institucions públiques, que van haver de fer-se càrrec de les despeses. Era el preu que calia pagar per defensar les viles i els seus veïns en una època caracteritzada per la inseguretat.

Les milícies urbanes, l'autèntic nervi de la defensa
També es van organitzar les milícies urbanes, en què participaven tots els veïns aptes per a l’ús d’armes. Aquestes milícies, d’arrel medieval i vinculades al poder municipal, van ser l’autèntic nervi de la defensa.

Malgrat el fracàs de Palamós, amb el temps, aquesta estructura defensiva va demostrar una bona resposta davant les amenaces. 

Per l'aliança entre un rei cristià i un rei musulmà contra un altre rei cristià. El rei de França, Francesc I —en guerra amb Espanya—, i Solimà I el Magnífic van acordar l’any 1542 l’obertura dels ports de Marsella i Toló per a les flotes otomanes.

Així, les embarcacions turques podien castigar el litoral català des d’un àmbit geogràfic molt proper, i mentrestant, els soldats francesos tenien via lliure per envair la frontera del Rosselló. Els corsaris otomans, que ja tenien consolidada la seva supremacia sobre les altres potències mediterrànies, assolaven tota la costa dels Països Catalans, des de Cotlliure fins a Guardamar i Maó.

Tot i els sistemes defensius, els saqueigs corsaris van continuar al litoral empordanès. Tant és així que el juliol del 1564, diverses galeres turques van intentar desembarcar a Roses, però van haver de fugir a causa del foc d’artilleria llançat des del castell de la Trinitat. Aquesta vegada, els defensors de Roses, una de les poques fortificacions de Catalunya on hi havia soldats de la monarquia, havien estat capaços de desmuntar la tàctica dels turcs.

L'hegemonia turca comença a decaure amb la fi de la guerra entre França i Espanya
Cinc anys abans, el 1559, l’hegemonia turca havia començat a decaure, amb la pau de Cateau-Cambrésis, que posava fi a la guerra entre França i Espanya. Però, tot i la derrota en la batalla de Lepant el 1571, els otomans van continuar amenaçant la costa catalana fins als primers decennis del segle XIX, amb episodis menys freqüents i menys colpidors.