El 9 d'abril de 1609, el mateix dia en què va signar la treva amb els rebels holandesos, Felip III va decretar l'expulsió dels moriscs peninsulars. La mesura va afectar unes 276.000 persones. Els seus efectes van ser particularment devastadors al País Valencià, d’on van haver de marxar unes 135.000 persones; és a dir, aproximadament un terç de la població. A Aragó, van haver d’exiliar-se 61.000 moriscos (un 20% dels habitants del regne). A Catalunya, on hi havia uns 8.000 moriscos, en van haver de marxar 5.000.

La mesura obeïa a recels històrics, de tipus cultural i religiós, però també estratègics. La propaganda antimorisca havia insistit en el paper actiu d’aquesta minoria com a cinquena columna davant les amenaces de l’islam, reals (pirateria) o suposades (gran invasió turca). Si no els haguessin expulsat, els moriscos haurien estat un instrument d’ordre, a favor de la noblesa i de la corona. Això fins a començament del segle XX, quan l’inici de la guerra del Marroc els hauria convertit en un col·lectiu incòmode.

A Catalunya, la població morisca es concentrava a les comarques de l’Ebre i del Segre. Es tractava d’un col·lectiu pagès, en un procés avançat d’integració, fet que pot explicar la no-expulsió dels moriscos del bisbat de Tortosa.  A la corona de Castella, els moriscos es concentraven a Andalusia i la Manxa. Habitaven a les ciutats, on feien treballs urbans i també es trobaven en una fase avançada d’aculturització. En aquestes àrees, les restes de la cultura araboislàmica s’haurien perdut en poques generacions.

Per contra, al baix Aragó i especialment al País Valencià, les comunitats morisques constituïen nuclis compactes. Vivien en pobles a part, on mantenien, de manera més o menys evident, la llengua àrab i la religió i els costums islàmics. En aquestes zones, la integració s’hauria mostrat impracticable. Ambdós territoris haurien mantingut els trets essencials de les societats colonials contemporànies, amb una doble realitat cultural, econòmica i humana —que al País Valencià encara va ser més complexa, a causa de la dualitat del poblament cristià: català al litoral i aragonès a l’interior.

Com ja s’havia posat de manifest en la revolta de les Germanies (1519-1522), els moriscos haurien mantingut un seguit de vincles de complicitat amb els seus senyors, nobles i eclesiàstics. Enfront de l’hostilitat amb què eren percebuts pels llauradors cristians —considerats una competència deslleial—, els senyors de pobles moriscos haurien continuat sent els seus valedors. I haurien estat utilitzats altra vegada per la noblesa com una força de xoc contra la revolta de la segona Germania, a la fi del segle XVII, i, sobretot, contra els maulets valencians, camperols i classes mitjanes urbanes que van alçar-se a favor de la causa de l’arxiduc Carles a l’inici de la guerra de Successió (1705).